L’ assemblée générale de la FPMA en tant qu’union d’associations cultuelles est dénommée « Synode Général ».

Le Synode Général constitue l’organe suprême et souverain des différentes structures de la FPMA

Sont membres du Synode Général :

– les membres du Comité Permanent ;

– le président de chaque paroisse FPMA ;

– le président de chaque Assemblée cultuelle (« Fiaraha-mivavaka ») FPMA ;

– tous les pasteurs membres de la pastorale FPMA ;

– le président de chaque commission nationale ou son représentant;

– les invités dont la liste est établie sous la responsabilité du Bureau Central.

 Le Synode Général se réunit sur convocation du Bureau Central pour délibérer sur les seules questions portées à l’ordre du jour :- une  fois par an, au premier semestre, pour approuver ou non les actes de gestion financière et d’administration légale des biens ainsi que les comptes de l’exercice écoulé ;- en sus de la réunion annuelle consacrée au bilan financier, une fois toutes les années paires pour traiter de questions plus générales ;- exceptionnellement : selon les besoins de la FPMA.

La FPMA est administrée par un comité directeur qui prend le nom de « Comité Permanent ».

 Sont membres du Comité Permanent :

– les présidents d’honneur de la FPMA ;

– les membres du Bureau Central ;

– le pasteur responsable de chaque région ; 

– le président de chaque région ;

– le délégué de chaque paroisse associée de la FPMA en dehors de la France; 

– le président de chaque section commune nationale ou son représentant ;

– le président de chaque département national ou son représentant ;

– le président de la pastorale ou son représentant ;

– le directeur du projet d’Église ou son représentant ;

– le directeur du projet laïc ou son représentant ;

– les vérificateurs aux comptes ;

– les invités dont la liste est établie sous la responsabilité du Bureau Central.

 Le Comité Permanent se réunit sur convocation du Bureau Central pour délibérer sur les seules questions portées à l’ordre du jour :

– périodiquement : une (1) fois par semestre ;
– exceptionnellement : selon les besoins de la FPMA.

Le Bureau Central est l’organe exécutif et administratif de la FPMA.

Le Bureau Central, dont les membres sont élus par le Synode Général, comporte:

– le président de la FPMA (pasteur synodal) ;
– un vice-président pasteur ;
– un vice-président laïc ;
– un  secrétaire exécutif (laïc) ;
– un  trésorier (laïc) ;
– un  gestionnaire financier (laïc) ; 
– un  conseiller (pasteur). La durée du mandat du Bureau Central est de deux (2) ans.